首先，从规模来看，南京博物院是江苏省最大的综合性博物馆，也是中国重要的博物馆之一，馆藏文物超过40万件，涵盖历史、艺术、民俗等多个领域。而南京市博物馆则相对较小，主要展示南京地区的历史文化，尤其是六朝、明朝等时期的内容。
其次，在展品方面，南京博物院的展品更加丰富多样，不仅包括青铜器、瓷器、书画等传统文物，还有大量的非物质文化遗产展品。南京市博物馆则更专注于南京本地的历史文化，比如六朝博物馆、明城墙相关的展品等，对于研究南京地方史的人来说更具吸引力。
再次，从建筑风格和参观体验来看，南京博物院的建筑气势恢宏，展厅布局合理，适合长时间参观。而南京市博物馆虽然也有一定的历史感，但整体规模较小，参观时间相对较短。
最后，从交通便利性来看，南京市博物馆位于市中心的夫子庙附近，交通方便，游客较多。南京博物院则位于紫金山风景区附近，环境较为安静，适合喜欢安静参观的游客。
总结来说，如果你对全国范围内的历史文化感兴趣，或者希望看到更多种类的文物，南京博物院是更好的选择；如果你更关注南京本地的历史文化，或者时间有限，南京市博物馆则是更合适的选择。两者各有特色，根据个人兴趣和时间安排来决定哪边更值得去。
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